No início de 1944 foi transferido para o Hospital de Engenho de Dentro. Com o correr dos anos, sua atitude tornou-se de humilde aceitação da vida hospitalar. Ajudava na enfermaria em atividades de tipo doméstico, obedecendo sempre às ordens de enfermeiros e guardas. Verificou-se posteriormente que, muitas vezes, fazia trabalhos que excediam suas forças, como levar sobre a cabeça enormes trouxas de roupa suja para a lavanderia.

Em fevereiro de 1947, após 23 anos de internação, Emygdio começou a freqüentar o ateliê da Seção de Terapêutica Ocupacional. Apesar dos longos anos de internação em condições adversas e sem nunca haver pintado antes, seu trabalho atingiu desde o início alto nível artístico, revelando talento incomum. Mas sempre se esquivava às comunicações interpessoais. Espontaneamente não se dirigia a ninguém. Quando solicitado, respondia em termos breves e logo se fechava em seu silêncio.